Clásico Tardío (600 - 900)

Durante el período clásico tardío, San Andrés y Chalchuapa (con su centro ceremonial en Tazumal) al occidente del río Lempa y Quelepa al oriente alcanzan su mayor auge; en el área del cerrón grande existieron varios sitios, tales como: El Remolino, El Tanque y La Ciénaga; ambos sitios cuentan con varios montículos ceremoniales incluyendo juegos de pelotas y plataformas para las residencias, por otro lado los artefactos encontrados en estos sitios son similares a los encontrados en Chalchuapa y San Andrés, lo que probablemente indica una unidad étnica entre las poblaciónes de la zona occidental y central durante este período; mientras que en la zona oriental a la par de los sitios dominantes ya existentes surgen Los Llanitos y Asanyamba, por otro lado los artefactos de Quelepa y las estructuras construidas en este sitio durante este tiempo indican que está población y en general la zona oriental se vieron influenciados por sitios en Veracruz..

Para el periodo Clásico Tardío (600 - 900) se establece la cultura de Cotzumalhuapa, cuya evidencia arqueológica en El Salvador ha sido descubierta en Cara Sucia; y los grupos étnicos y etnias que poblaban el territorio eran: lencas (potones), uluas (cacaoperas), mayas (chortíes y pocomames), xincas y Chorotegas.
A partir del 800, tras la caía y abandono de Teotihuacan, las principales ciudades mayas y de Mesoamérica fueron abandonadas, a raíz de esto muchas poblaciones fueron deshabitadas al final del clásico incluyendo San Andrés y Quelepa.