Preclásico temprano (1500 a. C. - 900 a. C.)

Durante este período se formaron las primeras aldeas agrícolas, algunas de estas permanecieron como simples aldeas, mientras que otras desarrollaron rasgos más avanzados. A la vez, aparecen las primeras cerámicas y los sitios tenían nexos comerciales con sitios ubicados en el área del Soconusco en el estado mexicano de Chiapas.
El asentamiento más antiguo en el territorio es El Carmen que data del 1590 a. C. (±150 años). La cerámica de este sitio es muy similar a la encontrada en Chiapas y la costa pacífica de Guatemala.
En Chalchuapa hay evidencia de asentamientos de los primeros pobladores en dos localidades: la orilla norte de la laguna Cuzcachapa y cerca del manantial El Trapiche; la evidencia de esta ocupación temprana data de alrededor del 1200. Al igual que en El Carmen la cerámica es muy parecida a la de Chiapas y Guatemala. Estos hallazgos apoyan la interpretación de que los primeros habitantes del occidente salvadoreño procedían de la región del litoral pacífico (entre Chiapas y Guatemala) y que probablemente eran hablantes de alguna lengua Zoque y practicantes de la cultura Mokaya.

En la zona oriental, la evidencia más antigua de este período proviene del sitio arqueológico La Rama, el cual está conformado por huellas tanto humanas como de animales, los cuales datan de alrededor del 1500 a. C. según estudios de estratigrafía comparativa.